backup

RBBGCMuso/R/calibMuso.R

@@ -34,13 +34,20 @@ calibMuso <- function(settings=setupMuso(), calibrationPar=NULL,
                       skipSpinup = TRUE, modifyOriginal = FALSE, prettyOut = FALSE,
                       postProcString = NULL,
                       doBackup=TRUE,
+                      backupDir="bck",
                       fixAlloc=FALSE
                       ){ #
 ########################################################################
 ###########################Set local variables and places###############
 ########################################################################
     if(doBackup){
-        file.copy(eval(parse(text = sprintf("settings$%sInput[2]", fileToChange))),file.path(settings$inputLoc),overwrite=FALSE)
+        for(epc in settings$epcInput){
+            file.copy(epc, file.path(settings$inputLoc, backupDir), overwrite=FALSE)
+        }
+
+        for(soi in settings$soilFile){
+            file.copy(soi, file.path(settings$inputLoc, backupDir), overwrite=FALSE)
+        }
     }
 
     bck  <- file.path(settings$inputLoc, "bck",

RBBGCMuso/R/parametersweep.R

@@ -17,7 +17,7 @@ paramSweep <- function(inputDir="./",
                        parameters=NULL,
                        outputDir=NULL,
                        iterations=10,
-                       outVar="daily_gpp",
+                       outVar="3009",
                        htmlOutName = "paramsweep.html",
                        fixAlloc=FALSE){